微波消解儀是所有需要嚴格按照規范操作的儀器之一，因為每一次操作都是對儀器性能和壽命的考驗。
1.微波消解儀在運行期間又或者是運行結束前，只要數字壓力顯示值不是“0”，請不要按“復位”鍵；
2.在微波樣品制備過程中，最大使用80%的加熱功率。如果樣品制備罐少于4個，應使用50%以下的功率。
3.使用時，除敞口容器中的水外，其他任何酸或堿、鹽或固體物質都不應在敞口容器中單獨加熱；
4.所用的樣品制備容器必須保證外罐和內罐之間沒有液體或雜質，以避免損壞樣品制備罐。切勿在樣品制備罐上覆蓋金屬蓋，否則會著火或破裂；在微波樣品制備中，金屬物質(如金屬絲、金屬塊等。)必須避免被錯誤地放入諧振腔。
5.微波消解系統的樣品制備容器由塑料制成，不能使用強機械力。其螺紋易打滑，施力應適中。這些零件屬于消耗品。壓力接頭不能用得太硬，否則容易損壞。
6.樣品制備罐通常包含不超過0.5g的干燥有機樣品。樣品消解常用的試劑有硝酸、鹽酸、氫氟酸、過氧化氫等。H3PO4、F4B2、H2SO4、HClO4等高沸點和爆炸性試劑不能單獨使用。對于樣品和試劑之間反應劇烈的消化樣品制備，請將通風廚房中的樣品制備容器保持在打開狀態以進行反應。反應平靜后，蓋上容器蓋，將容器放入樣品制備系統。
7.樣品制備罐中樣品、試劑和溶劑的總體積不得超過內杯體積的30%；
8.將控制罐放在最右邊的樣品罐架上(即遠離壓力傳感器通道zui)；注意：此罐不需要安全膜，否則運行時不會有壓力顯示，容易發生事故。
9.微波消解儀工作完成后，當顯示窗口上的壓力降至“0”或接近“0”時，取下壓力控制系統，取出樣品罐，按下一步測試要求轉移樣品；
10.從制樣系統中取出樣品罐后，不要用冷水淋灑，否則會造成制樣罐外罐變形或破裂；
11.切勿使用汽油、酒精等有機溶劑或金屬刷、鐵鍬擦洗，切勿用水沖洗諧振腔。
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